制药与化学工程学院成立于2007年，依托东南大学“医药、化工、材料、生物、能源、控制”等学科支撑和历史沉积，紧密结合我省相关产业发展需求，发挥毗邻相关产业基地的独特地理优势，培养高素质制药与化工类应用型本科人才。现设有制药工程、化学工程与工艺、药事管理、护理学、功能材料5个本科专业，目前在校学生1200人。

        学院为东南大学化学化工学院研究生生源基地、常州大学研究生生源基地、南京信息工程大学研究生生源基地、江苏师范大学研究生生源基地、南京林业大学研究生生源基地、教育部化学工程与工艺专业教指委独立学院指导小组成员单位。“化工与制药类”专业已列入学院综合改革试点专业之一。学院建有“成贤学院-东大化院联合科技创新平台”，下设化工过程，制药工程、化工新材料等三个研究所和东大成贤-江海科技联合研发中心，由东南大学教授博导领衔指导，青年教师-研究生-本科生共同参与，结合本地区产业需求开展应用科技开发。

        学院积极开展产学研合作，已建立多个稳定的校外实践教学基地，与东南大学苏州研究院、东南大学蒙纳士联合研究生院、南京生物医药谷、中石化扬子公司、南化研究院、南京化工园区、浦口生物医药产业园、滨海沿江工业园、太仓生物医药产业园、泰州中国医药城、南京先声药业等业内著名企业和产业园区开展校企合作，联合办学，着力提升学生工程实践能力。

        已毕业的11届学生2900余人，初次就业率100%，众多毕业生已成为我省化工与制药企业 “生产-开发-管理“的技术骨干。近四年来，平均考研录取率达18%。一大批优秀毕业生被包括南京大学、东南大学、华东理工大学、中国科学技术大学、厦门大学、苏州大学、南京理工大学、中国药科大学、意大利都灵大学、美国波士顿大学等国内外名校录取，其中已有10多名学生正在攻读博士学位。多位学生参与全国大学生化工设计大赛、江苏省化学化工竞赛等，在江浙沪地区与公办高校和独立学院的学生同台竞赛中取得了突出成绩。学生在实践过程中申请国家专利多项、在学术期刊杂志上发表高水平科研论文多篇。

        为深化教育教学改革，加快培养“厚基础、宽专业、重应用、强实践”的高素质应用型人才，适应当前医药-化工产业转型发展对优秀人才的需求，学院制药工程、化学工程与工艺专业，按“化工与制药大类”招生培养。学生入学时不分专业，进校后按大类培养，学习两年相关基础课程，大二下学期，按照学院规定，根据学生志愿、学习成绩及综合素质，再分别选择进入制药工程或化学工程与工艺专业学习。